L’objectif est de préserver les ressources naturelles, de sensibiliser aux milieux naturels et à la biodiversité (restauration écologique), et de diffuser des connaissances environnementales auprès du grand public en promouvant notamment l’agriculture locale. Pour ce faire, plusieurs actions sont envisagées :

•  Information sur l’activité agricole locale : création de mini parcelles représentatives des cultures de bords de Garonne et introduction de panneaux pédagogiques : grandes cultures (tournesol, mais, soja), arboriculture (pommier, poirier, pêcher, prunier d’Ente), maraichage (tomate, fraise, melon, haricot vert, cresson), viticulture (côtes du Bruilhois, côtes de Buzet, Côtes du Marmandais)… ;
• Information et sensibilisation du public à la nature et la biodiversité par des activités de jardinage et d’entretien des parcelles ;
• Adhésion à la charte Natura 2000 qui engage le signataire à mettre en œuvre de bonnes pratiques de gestion n’entraînant pas de surcoût : entretenir de manière raisonnée la végétation en bordures de cours d’eau, ne pas déposer de déchets sur la propriété, … . La Ville de Boé est la première collectivité de la région Nouvelle-Aquitaine à s'engager dans la démarche Natura 2000 de protection de la Garonne (janvier 2017);
• Mise en avant de la culture du cresson : culture phare de la commune ces dernières années reprenant une tradition locale ancienne. L’entreprise « les cressons d’Aquitaine » située au lieu dit Lorman à Boé (moins d’1 km de la Tour) cultive 17 hectares de cressons dont 6 sous serres plastiques et 1.3 hectares sous serres photovoltaïques. Cette exploitation est la première de France ;

• Restauration écologique : dans le cadre de l’opération « une naissance, un arbre » (plus de 50 arbres plantés chaque année), plantation le long du nouveau sentier d’espèces représentatives des bords de Garonne;
• Restauration écologique en cohérence avec la restauration du bâtiment : création d’un jardin des Simples, jardin traditionnel du Moyen-âge, consacré aux herbes aromatiques, condimentaires et médicinales
• Implantation d’hôtels à insectes et de nichoirs à oiseaux (fête du miel et de la biodiversité) ;
• Mise en place de nouvelles ruches et observation du cycle des abeilles près du fleuve (peuplement des ruches, évolutions des colonies, …) ;
• Développement de la démarche qualitative respectueuse de l’environnement menée par la commune (gestion de l’eau, intrants, déchets, …)
• Mise en place d’un partenariat avec le site naturel national de la FRAYÈRE D’ALOSE. Située en plein cœur de l’agglomération agenaise et à deux pas de Boé, la frayère d’alose est l’un des rares sites de reproduction pour la grande alose. Il est d’ailleurs envisagé de l’étendre sur la portion comprise entre Agen et le pont de Saint Pierre de Gaubert à Boé. L’idée d’un partenariat entre l’association pour la gestion de la réserve naturelle et le projet de Maison de Garonne est née naturellement.